战争的关键时刻，起义军的首领张角突然重病离世，这给黄巾军的士气造成了致命打击。实际上，在此之前，战争的形势已经转向对黄巾军不利一面。
虽然人数数倍于朝廷军队，加上拥有宗教信仰的士兵又多勇猛不畏死，黄巾一方在最初的战斗中取得了不少胜绩，然而他们却有一个致命弱点：将领不懂兵法。
在东方的战场中，奉命前来镇压的官军起初兵分两路，颍川黄巾军总指挥波才先是一举大败朱儁所率领的军队，其后又将由皇甫嵩统领的另一支部队重重围困在颍川长社县内。
官军新败，又被数倍于己方的军队所围困，一股恐惧、绝望的氛围由是弥漫在军营之中。皇甫嵩对此心知肚明，然而却不甚在意，因为他找到了克敌制胜的方法。
——这波才不过一员猛将而已，竟然敢依草结营，行军的禁忌真是丝毫不懂啊。
皇甫嵩暗自忖道。于是，一个绝妙的主意在他脑海中成型了。
“兵法有奇正之变，取胜的关键并不在于人数的多少。”
皇甫嵩对应召而来的军中将领如此说道。
“如今贼寇依草结营，容易为火攻所乘。如果趁夜放火偷袭，对方受惊之下必定慌乱不堪。此时，我再率军出击，那么田单之功唾手可得！”
战国齐湣王时期，乐毅率领燕国军队进攻齐国，一连功破七十多座城池，连齐国的首都临淄也被洗劫一空。彼时，齐国境内仅有莒和即墨两座孤城还在坚守。
国家危亡之际，田单坚守即墨。先是使用计谋离间乐毅与即位不久的燕惠王，逼得乐毅出奔赵国；在其后反攻齐军的决定性战争中，田单又策划一计。
他先是收集了上千头牛，然后令人在牛角上绑著利刃，牛身上披著五色彩布，牛尾上绑著稻草，并涂抹许多油脂。准备工作完毕后，在一个月黑风高的夜晚，田单发出了袭营的指令。
一千多头五彩牛因为尾巴被火点燃，惊吓之下拼命向燕军大营奔去，同时，即墨城上鼓声、呼喊声大作，响彻四周。被惊醒的士兵猛然间看到这种横冲直撞的怪物，又听到对方的战鼓声，吓得四处乱窜，燕军即刻溃散。
靠着“火牛阵”，田单以少胜多大败燕军，并由此拉开了复国的道路。这就是所谓的田单之功。
以田单之功相比附，这既是一种常见的鼓舞士气的做法，从中也大约可以窥见皇甫嵩的豪气。随后，他将准备工作一一细分下去，静待反攻时刻的来临。
会议结束的当天傍晚正是大风，皇甫嵩即可下令让军中精锐悄悄走出包围圈，向黄巾军驻扎处放火并大声呼叫。在此同时，一队军士登上城楼高举火把与其遥相呼应。
当大火蔓延的刹那，皇甫嵩擂动战鼓下达了进攻的指令。如同历史重演，数量众多的黄巾军惊惶无措，四散奔走。随后，朱儁的败军、恰好率军赶到的曹操军队与皇甫嵩大军汇合，三路人马与波才再次交战。黄巾军大败，数万人被杀。
波才率领余部逃亡，皇甫嵩乘胜追击，在阳翟又大破其人。随后又分兵进攻汝南、陈国、西华等黄巾军，均取得胜利。
由此，东部战场的颍川、汝南、陈国三郡的黄巾军被全部镇压下去，只剩下南部的南阳战场与北部的冀州战场。朱儁被诏令出征南阳，而皇甫嵩则先是奉命镇压东郡黄巾，得胜后又领兵北上代替董卓主持冀州战局。
正是在此前后，坐镇大本营的张角突然逝世，而黄巾事变也随着他的归去进入了收尾阶段。
冀州战场本是由卢植全权负责。
这里是黄巾军最大的根据地，又有宗教领袖张角坐镇，因而军队的战斗力很强。在最初的几场战斗中，卢植虽然打了几场胜仗，但并没有给对方造成太大打击。
——连战破贼帅张角，斩获万余人。
《后汉书》如此记载，以当时作战普遍虚报战绩的情形而论，若干次战争只消灭几千人说明双方战斗力相差无几，官军即便取得胜利也是惨胜。
随后，张角率军从巨鹿退守广宗，据城而守，卢植于是修筑长墙、挖掘壕沟、制造云梯，准备攻城事宜。在这关键时刻，汉灵帝派了一个专员——他的亲信小黄门左丰前来视察工作。
“将军应该准备些厚礼贿赂此人，不然怕他会在皇上面前诋毁您哪。”有人这样劝说，然而这一建议却被卢植断然拒绝了。
非但没有重金贿赂左丰，依照他对宦官的痛恨，卢植恐怕也没有给予这位使节应有的礼节。
“广宗的叛贼小菜一碟而已。只是卢植固守堡垒，不愿出战，恐怕是在等待上天来消灭叛军呢。”
返回洛阳后，面对皇帝的询问，愤愤不满的左丰语带讥讽。
怒火中烧的灵帝立即下令罢免卢植的官职，判处低于死罪一等的刑罚，并命人用囚车将其押解回京。卢植就这样颇为凄惨的离开了战场，幸好后来有皇甫嵩为他求情才免去刑罚，复官为尚书。
卢植走后，董卓被任命为东中郎将主持冀州战场。可惜，战事仍旧不利，无功的董卓被罢免一切官职。遍观群臣后，灵帝只得将战绩卓著的皇甫嵩从河南调往河北，去攻打张角。
皇甫嵩果然不孚众望，在初期的失利后，故意示之以弱，等到对方有些得意忘形而警戒之心大减时，便使用袭营之计大破黄巾军。
这一站，主将张梁战死，三万黄巾军被斩杀，其后渡河而死的约有五万人，车重三万余辆被俘虏并焚烧。
皇甫嵩随后开棺戮尸，割下张角早已死去多时的首级送达京师。稍后，在钜鹿太守冯翊的配合下，皇甫嵩在下曲阳大败张宝军队。张宝当场战死，被斩杀的黄巾军据说有十多万。
——筑京观于城南。（《后汉书》）
为了炫耀战功，以及震慑他人，胜利一方常常将敌人的尸体聚集起来，筑成一个高高的坟墓，这便是所谓的京观。伴随着堆积成山的尸体，皇甫嵩升任左车骑将军，领冀州牧，封槐里侯。
当胜利的捷报传至京师时，汉灵帝有理由相信，这场席卷大半个天下的农民事变已经被彻底的镇压，天下似乎再次恢复了宁静。于是在这年年底，他宣布大赦天下，并改元为中平。